С помощью настройки целей в Яндекс.Метрике Вы узнаете, сколько посетителей переходят в мессенджеры с вашего сайта, и сможете отделить их от остальных. Цель будет достигнута при клике пользователем на ссылку, которая ведет в мессенджер.